ссылки не работают

Сайт покажите. Так трудно что-то сказать, что бы не гадать лучше посмотреть.

 

Кэш чистили после создания пунктов? Попробуйте почистить кэш как в самой джумле, так и в браузере.
Используется ли какой-либо сторонний sef компонент? Если да, то в нем можно сгенерированные ссылки то же почистить, пусть пересоздаст их заново. Нет ли ошибки в написании окончаний ссылок (т.е. что для категорий прописано - / или без слеша, может быть .php или .html)?

 

Да будут дубли, здесь надо понимать, что если материал привязан к пункту меню, то он "получает ссылку" менюшки, из твоего примера это и видно ".../pod-menu-1" - это алис твоего меню и в то же время статью можно открыть и по прямой ссылке.
С этой проблемой можно бороться с помощью сторонних компонентов, что и ссылки делают более "дружелюбными" и избавляют от дублей. Таких компонентов основных несколько, но у них есть минус, они создают дополнительную нагрузку на сервер (на нормальном хостинге практически не заметно). Пока роутер джумлы нормально не допилили приходится пользоваться такими модулями. Обещают к версии 3,6 допилить роутер, тогда проблем с дублями будет меньше.
Второй вариант это указать какая страница является канонической, тогда поисковики проиндексируют только ее, а на дубли забьют.
Или можно вручную поработать, статей в сети на эту тему много, но здесь посложнее, да и от версии к версии не все методы работают, а при обновлении джумлы слетают и все придется пилить по новой.