Из своего логотипа в фотошопе делаете иконку удалив при этом фон (что бы была прозрачность), сохраняете в png, а затем можете воспользоваться вот этим сервисом загружаете свою иконку в сервисе и на выходе получаете фавикон. Грузите в папку с шаблоном и все. Как вариант, можно загрузить сразу в png, но тогда надо в самом шаблоне прописать что у вас иконка в png и указать где она лежит.
Для этого есть бесплатный компонент Phoca favicon. В качестве исходника лучше всего использовать качественный логотип в формате png. После этого надо сделать очистку кеша. Выше также описан другой вариант
https://htmlweb.ru/service/favicon/ С помощью этого сервиса Вы сможете легко преобразовать любое изображение формата jpg, gif, png в favicon.ico. Стандартный размер изображения для favicon 16x16 пикселей. В режиме Эксперт Вы можете сделать иконки размером: 16x16, 24x24, 32x32, 48x48, 96x96, 128x128 и объединить их в один файл. Данный генератор фавикон поможет Вам сгенерировать иконку Favicon для Вашего сайта из изображения любого размера.